С решение на правителството ведомствата, осъществяващи задължителен граничен контрол съгласно Наредбата за граничните контролно – пропускателни пунктове, получават безвъзмездно за управление части от ГКПП „Илинден“, в съответствие с техните административни нужди. Имотът – публична държавна собственост в с. Илинден е с площ 26 168 кв. м и включва построените в него сгради, метални козирки и контролни кабини. Части от него се предоставят безвъзмездно за управление на Агенция „Митници“, на Министерството на вътрешните работи за нуждите на Главна дирекция „Гранична полиция“, на Българската агенция по безопасност на храните, на Агенция „Пътна инфраструктура“ и на Регионалната здравна инспекция – гр. Благоевград. Останалата част от имота, която не е предоставена безвъзмездно за управление на ведомства за изпълнение на функции, свързани с извършването на граничен контрол, преминава в управление на Агенция „Митници“.
