Тленните останки на цар Самуил бяха положени в специалния саркофаг в храма „Света София“. Българският патриарх и Софийски митрополит Даниил отслужи запокойната молитва в съслужение с митрополити, епископи и свещенослужители от Българската православна църква – Българска патриаршия.
Саркофагът беше изработен в цех за мраморни изделия във Велинград по инициатива на Министерството на културата и с благословението на патриарх Даниил.
Решението за вида на саркофага е на Софийската митрополия. Той е с размери приблизително 2,30 м дължина, 90-100 см ширина и 85-90 см височина и е предвиден да побере дървения ковчег.
Орнаментите върху саркофага включват изображения на два лъва със Самуиловата крепост, два пауна с двореца на Самуил, икона на архангел Михаил и христограм, първата и последната буква на гръцката азбука – алфа и омега, както и изображение на герба от плащеницата, с която е погребан българския цар. Името на Самуил също е изписано върху саркофага. Той беше сглобен на място в базиликата и поставен в южната част на напречния кораб.
